Był synem Stanisława Baczyńskiego działacza socjalistycznego, żołnierza Legionów Polskich, oficera WP, pisarza i krytyka literackiego oraz Stefanii Zieleńczyk, nauczycielki i autorki podręczników szkolnych, katoliczki pochodzącej ze zasymilowanej rodziny żydowskiej[1].

Krzysztof Kamil Baczyński urodził się i mieszkał początkowo w kamienicy przy ul. Bagateli 10. Jego chrzest święty odbył się 7 września 1922 w kościele na placu Zbawiciela. W dzieciństwie chorował na astmę, miał słabe serce, był stale zagrożony gruźlicą. Od 1933 uczył się w Państwowym Gimnazjum im. Stefana Batorego i w maju 1939 otrzymał świadectwo dojrzałości. Już w czasie gimnazjalnym Baczyński odznaczał się wielkim znawstwem także współczesnej mu literatury. Wiadomo, że fascynował się "Ferdydurke" Gombrowicza i napisał własny wariant. Znał też ponadprzeciętnie literaturę francuską, a w późniejszych latach pisał także wiersze po francusku. W jego klasie uczyli się późniejsi żołnierze warszawskich Grup Szturmowych Szarych Szeregów: Tadeusz Zawadzki „Zośka" i Jan Bytnar „Rudy". W czasie nauki w gimnazjum należał do Organizacji Młodzieży Socjalistycznej „Spartakus", półlegalnej organizacji uczniów szkół średnich pod patronatem PPS. Używał wówczas pseudonimu „Emil”. Nie lubił chodzić do szkoły, bywał tam rzadko i z tego też powodu miał słabe oceny. Od 1937 członek Komitetu Wykonawczego „Spartakusa", był także współredaktorem pisma „Strzały” – wydawanego od lutego 1938 organu tej organizacji, na łamach którego zadebiutował jako poeta.

Wybuch wojny uniemożliwił mu podjęcie studiów w Akademii Sztuk Pięknych. Marzył o karierze grafika lub ilustratora. W okresie okupacji niemieckiej mieszkał przy ul. Hołówki 3. Po utworzeniu w 1940 r. getta w Warszawie, pozostał z matką po aryjskiej stronie ryzykując, w razie wykrycia żydowskiego pochodzenia, rozstrzelanie na miejscu. Od jesieni 1942 do lata 1943 studiował polonistykę na tajnym Uniwersytecie Warszawskim. Zajmował się pracą dorywczą: szklił okna, malował szyldy, pracował u węglarza na Czerniakowie, przyjmował telefonicznie zlecenia w Zakładach Sanitarnych. Uczył się także w Szkole Sztuk Zdobniczych i Malarstwa.

Od lipca 1943 sekcyjny w II plutonie „Alek” 2. kompanii „Rudy” batalionu Zośka AK w stopniu starszego strzelca pod ps. „Krzysztof”, „Zieliński”. Porzucił studia polonistyczne, aby poświęcić się konspiracji i poezji. Twierdził, że jeśli będzie mu to dane do nauki powróci. W mieszkaniu miał skrytkę na broń, w której trzymał thompsona, 2 steny, MP 40 (schmeissera), granaty, materiały minerskie, a także podręczniki, mapy i prasę konspiracyjną.