W okresie okupacji niemieckiej ogłosił 4 tomiki poezji: Zamknięty echem (lato 1940), Dwie miłości (jesień 1940), Wiersze wybrane (maj 1942), Arkusz poetycki Nr 1 (1944) i składkę Śpiew z pożogi (1944) oraz wiele utworów w prasie konspiracyjnej. Jego wiersze pojawiły się także w antologiach poezji wydawanych konspiracyjnie: w Pieśni niepodległej (1942) i Słowie prawdziwym (1942).

Uważa się, że jesienią 1942 osiągnął dojrzałość poetycką. Uznany powszechnie za jednego z najwybitniejszych poetów czasów okupacji. Jerzy Andrzejewski, jego przyjaciel, zadedykował mu tom opowiadań "Noc". Na wieść o wstąpieniu Baczyńskiego do oddziału dywersyjnego Stanisław Pigoń powiedział Kazimierzowi Wyce: Cóż, należymy do narodu, którego losem jest strzelać do wroga z brylantów, a Jerzy Zagórski wspomnienie o nim zatytułował Śmierć Słowackiego (1947). Tadeusz Gajcy pisał o nim: Poeta o nucie dostojnej. Krzysztof przyjaźnił się z poetą Jerzym Kamilem Weintraubem; dedykował mu wiersz „Jesienny spacer poetów”. Weintraub, podobnie jak Wyka należał do osób, z którymi Krzysztof rozmawiał o poezji.

Poezja Baczyńskiego najpełniej wyraża cechy generacji kolumbów. Dla nich konsekwencją wybuchu wojny była konieczność poradzenia sobie z tym wstrząsem i odnalezienie własnej postawy wobec tych wydarzeń. Jego wiersze pomimo silnego związku z czasem wojny, ukazują swój uniwersalny wymiar. Dzieje się tak m.in. dlatego, że nie pisał o swojej epoce wprost, lecz w konwencji apokaliptycznej i onirycznej, a także dlatego, iż poruszał problemy ponadczasowe, takie jak rzeźbienie duszy i psychiki człowieka, refleksja nad młodością i dojrzewaniem (w tym przypadku drastycznie przyśpieszonym przez wojnę), poszukiwanie wartości mogących stanowić fundamenty dorosłego życia. Krzysztof Baczyński w wierszach często stosował liczbę mnogą, przemawiając w swoim i generacji imieniu. Pisał wiersze katastroficzne, ze środka "spełniającej się apokalipsy", pragnąc zmierzyć się ze swoją epoką i czasem historycznym. Ukazywał wojnę pełną onirycznych i symbolicznych obrazów, widząc ją jako siłę niszczycielską dla dotychczasowych systemów wartości i norm moralnych, a wprowadzającą nowe, okrutne prawa. Był nieufny wobec tradycyjnej poetyki, uważał, że jest niewskazana wobec ogromu zniszczeń i cierpień narodu. Miał świadomość własnej i pokolenia zagłady; jednocześnie nie dramatyzował nad tym losem. Pragnął zminimalizować skażenie wojną, jej wpływ na własną psychikę. Chciał zmycia tego piętna poprzez obcowanie z mityczną arkadią jako światem czystym, nieskażonym, pozbawionym krwi, okaleczenia i śmierci. Ton jego poezji jest zróżnicowany: obok wierszy dotyczących przeżyć okupacyjnych, pisał także te oddzielone od tych wydarzeń, pełne nadziei i piękna. Są pełne rozbudowanych metafor, elementów ze świata baśni, mikroprzyrody, otoczone aurą nastrojowości.

Zachowały się wszystkie jego dzieła: ponad 500 wierszy, kilkanaście poematów i około 20 opowiadań. Najbardziej znane wiersze Baczyńskiego to m.in.: Elegia o ... [chłopcu polskim], Mazowsze, Historia, Spojrzenie, Pragnienia, Ten czas, Pokolenie, Biała magia, Gdy broń dymiącą z dłoni wyjmę..., Polacy. Kilka jego wierszy było śpiewanych przez Ewę Demarczyk (utwór Wiersze Wojenne, Deszcze, Na moście w Avignon), Janusza Radka, Michała Bajora, Grzegorza Turnaua (Znów wędrujemy), zespół Lao Che (utwór Godzina W) i Ankh (Bez imienia, Erotyk). Fragment jego wiersza Historia posłużył za tytuł filmu Jeszcze słychać śpiew i rżenie koni.... O twórczości i życiu Baczyńskiego powstało kilka filmów, m.in. Dzień czwarty, w którym postać poety zagrał Krzysztof Pieczyński.